Śākya Śrī (shAkya shrI) nasceu em 1853, o ano da fêmea do boi-da-água em Kham para uma família nômade. Seu pai foi nomeado Naru Donden (sna ru don den, du) e sua mãe era Nyamtso Dron (nyam tsho sdron, du). Ele tinha um tio chamado Pentsa (caneta tsa, du).
Quando criança, diz-se que Śākya Śrī era de fala mansa e inclinado à prática do dharma. Ele costumava usar solo e seixos como objetos de oferendas, às vezes sentados em plataformas de pedra levantadas em uma pose de Mahāmudrā, imitando a meditação. Outras vezes ele agia como se conferisse ensinamentos aos seus companheiros de brincadeira. Segundo a lenda, quando Śākya Śrī tinha cerca de quatro anos de idade, uma linda iogue apareceu a seus pais e disse-lhes que a criança descera do ḍākinī.
Diz-se que ele foi facilmente movido pelo sofrimento dos outros e muitas vezes foi encontrado em lágrimas depois de ver os outros na miséria. Como resultado de sua compaixão, ele freqüentemente dedicava os resultados positivos de sua prática em benefício deles.
Quando jovem, Śākya Śrī trabalhou como cozinheiro em Drugu (gru gu), um mosteiro Drukpa Kagyu na região de Chamdo. Quando seus deveres de cozinha eram concluídos, ele se sentava ao lado da lareira e fazia sua prática, amarrando o cabelo no teto para não cair no sono. Certa vez durante um ensino elevado, Śākya Śrī estava servindo chá ao Primeiro Tsoknyi, Pema Drime Ozer (tshogs gnyis, pad + ma dri med 'od zer, b. 1828), que era considerado uma reencarnação de ambos Rechung Dorje Drakpa (ras chung rdo rje grags pa, 1085-1161) e Ratna Lingpa(rat in piing pa, 1403-1479). Śākya Śrī tentou ouvir os ensinamentos, e chamou a atenção de alguns dos monges da platéia, que riram dele, dizendo: “O sobrinho de nariz comprido de Pentsa deveria voltar para sua cozinha.” Śākya Śrī (ou, em outras versões da história, Tsoknyi) retrucou que eles não deveriam zombar dele, como no futuro eles estariam desejando até mesmo uma gota de sua urina.
Depois de ser ordenado monge em Drugu, Śākya Śrī recebeu lições em Mahāmudrā do Sexto Khamtrul, Tenpai Nyima (khams sprul 06 bstan pa'i nyi ma, 1819-1907), que se tornou seu mestre de raiz. Ele também recebeu iniciações nos ensinamentos Dzogchen de Jamyang Khyentse Wangpo ('jam dbyangs mkhyen brtse dbang po, 1820-1892).
Mais tarde, ele abandonou seus votos e, por muitos anos, praticou nas remotas cavernas nas montanhas da região de Kham, com seu consorte Chozang Dolma (chos bzang sgrol ma, du) e seus filhos. Ele teve quatro filhas e seis filhos; um dos filhos foi chamado Ngawang Choying (ngag dbang chödbyings, du), e outro, Pakchok Dorje ('phags mchog rdo rje, 1893-1943) foi identificado como a emanação da mente de Jamyang Khyentse Wangpo. Os monges zombeteiros referiam-se a ele como "o iogue sujo com grande família".
Sua reputação foi feita quando o Sexto Dechen Chokhor Yongdzin, Sheja Kunkhyen (bde chen chos 'khor yongs' dzin 06 shes bya kun mkhyen, du) acampou abaixo da caverna de Śākya Śrī para dar ensinamentos. Yongdzin teve uma visão na qual ele viu a maṇḍala de treze divindade Cakrasaṃvara apontando para a caverna de Śākya Śrī. Perguntando quem estava na caverna, ele foi informado da presença de um “iogue sujo”. Ele convidou Śākya Śrī para testar seu poder yoguico, e ficou surpreso com suas realizações, e lhe deu o título de Drubwang ( sgrub dbang ).
Durante seu primeiro encontro com Ju Mipam Gyatso ('ju mi pham rgya mtsho, 1846-1912) em Gatra Guri (dga' tra gu ri), Śākya Śrī estava participando de uma cerimônia de oração com cerca de quinhentos monges. De acordo com sua hagiografia, ao amanhecer, ele viu uma visão de Mañjuśrī, de cor laranja e tendo quatro braços, segurando uma espada em uma mão e um arco, uma flecha e um livro na outra. Ele manteve essa visão por um tempo e depois entendeu que essa visão de Mañjuśrī não era outra senão Mipam Gyatso. Ele recebeu mais ensinamentos dele, especificamente o Pel Kuntu Zangpoi Monlam ( dpal kun tu bzang po'i smon lam), e os dois sentaram juntos na conversa por quinze dias. Mipam Gyatso comentou que Śākya Śrī também era Jampeyang em corpo humano e o chamou de Śākya Śrījñāna, que indicava sua profunda compreensão das visões do Dzogchen.
A fama de Śākya Śrī era considerável, e os estudantes se reuniram de toda a região do Himalaia, incluindo o Butão. Estes incluíam Sonam Zangpo (bsod nams bzang po, 1892-1983), o filho de Trongsa Ponlob Jigme Namgyel (krong gsar dpon slob 'jigs med rnamal, du), e o irmão do primeiro rei do Butão; Lama Monlam Rabzang (smon lam rab bzang, 1879-1945); Kunlha Tendzin (kun lha bstan 'dzin, du); Sonam Gyeltsen (bsod nams rgyal mtshan, du); Ngawang Tendzin Gyatso (ngag dbang bstan 'dzin rgya mtsho, 1883-1966), e o Décimo Drukchen, Mipam Chokyi Wangpo (' entre os 10 anos de idade , 1884-1930).
Ele ficou em lugares como Pemako e Khenpajong, no Butão, e também no Sikkim e no Nepal. No Nepal, ele patrocinou uma renovação das estupas Swayambhunath e Boudanath e do Buda Namo . Esses projetos foram concluídos posteriormente por seus filhos.
No final de sua vida, embora continuando a ensinar, Śākya Śrī disse a seus alunos que havia chegado a hora de ele passar para o nirvana, e ele mostrou sinais de doença logo depois. Quando seus filhos e alunos lhe ofereceram remédios e orações de propiciação para que ele vivesse por mais tempo, Śākya Śrī disse que, embora a medicina e as orações não fizessem diferença alguma, poderiam continuar, pois isso lhes traria mérito.
Śākya Śrī faleceu em 1919, o ano das ovelhas. Dizem que ele exibiu o corpo do arco-íris ('ja' klu), transformando seu corpo em luz.
Seu discípulo Sonam Zangpo editou alguns volumes de seus ensinamentos.